Con fecha 5 de marzo de 2009, el Tribunal Supremo  estima el recurso de casación (2407/2008) interpuesto por la representación del Arzobispado de Valencia contra Sentencia de 12 de marzo de 2008 de la Audiencia Nacional, que había desestimado el recurso contencioso administrativo interpuesto por aquél, contra Resolución de la Agencia Española de Protección de Datos, de 31 de mayo de 2007, en la que se estima parcialmente la reclamación formulada por D. Alfonso pues, si bien no se accedía a su pretensión de que se cancelase la anotación de su bautismo en el Libro de Bautismos, se ordenaba que el Arzobispado remitiera al reclamante certificación en la que se hiciera constar que se ha anotado en su partida de bautismo el hecho de que ha ejercido el derecho de cancelación, o motive las causas que lo impidan, con apercibimiento de incurrir, si no procediera así, en las infracciones previstas en el artículo 44 de la LOPD .

El Tribunal Supremo admite el recurso, reconociendo que en ningún caso los libros de bautismo, tal y como admite la propia resolución recurrida, constituyen una relación de miembros de dicha religión ni acreditan la permanencia en la misma de quienes fueron bautizados. Citando las sentencias de 19 de septiembre y 14 de octubre de 2008, el Tribunal Supremo señala que el registro de bautismo parroquial no contiene ningún criterio, apriorísticamente definido por una persona entendida como responsable del fichero, que permita hablar de una estructuración conforme a criterios específicos relativos a las personas, toda vez que el asiento se practica por la fecha de bautismo, o incluso en la fecha en que se toma constancia del mismo, lo que impide ciertamente el fácil acceso al dato, dado que ello exige conocer la parroquia en que el mismo se celebró y, por tanto, se inscribió y la fecha en que el bautizo o su anotación se practicó por el párroco.

Apuntando que incluso hay supuestos en los que el Código de Derecho Canónico permite la administración del bautismo por laicos o su administración en una iglesia u oratorio, que no necesariamente debe de coincidir con la iglesia parroquial propia, y hasta en casas particulares o en hospitales, en caso de necesidad, el Tribunal Supremo subraya lo siguiente:

"…esto demuestra indudablemente las dificultades que pueden presentarse para obtener información sobre el bautismo que, por otro lado, está limitado a la solicitud del propio afectado, como se deduce del apdo. 1 del canon 535 del Código de Derecho Canónico, y sin que la posibilidad de que los datos de dichos libros sean utilizados con fines históricos o científicos suponga una vulneración de la Ley Orgánica 15/1999 ni de la Directiva 46/1995 , en cuyo desarrollo se dicta, pues a dicha posibilidad se refiere la propia Directiva en su considerando 29 y 40 , permitiendo ese uso con las garantías adecuadas establecidas por cada Estado. En el mismo sentido el artículo 9 del Real Decreto 1720/2007 permite el tratamiento de los datos de carácter personal con fines históricos, estadísticos o científicos.”

Por otro lado, destaca el Tribunal Supremo que los datos conservados en el libro de bautismo no hacen sino reflejar el hecho histórico de la realización de dicho bautismo en una fecha determinada y con respecto a una persona identificada, con los demás requisitos previstos en el Código de Derecho Canónico, en ningún caso como hemos dicho anteriormente, se configuran los libros de bautismo como una relación de católicos o personas pertenecientes a la religión católica y mucho menos como un fichero o relación actualizada de aquéllos por lo que carece de objeto pretender actuar sobre tales libros a efectos de hacer constar el abandono de la religión católica con el único objeto de actualizar una relación de miembros de dicha religión que no es tal. La declaración de apostasía por parte del interesado no altera la circunstancia de que aquel hecho del bautismo se produjo y el dato referido al mismo es exacto, afectando dicha apostasía exclusivamente, en cuanto supone el rechazo total de la fe cristiana conforme al canon 751, a los derechos del interesado, sin que esté prevista la práctica de anotación de la misma en el libro de bautismo o registro en cualquier otra forma en libros parroquiales”.

En definitiva, concluye el Tribunal Supremo que ni los libros parroquiales de bautismo pueden entenderse constitutivos de un fichero, en el sentido que regula Ley Orgánica 15/99, ni el dato que en los mismos se refleja, es inexacto, o no puesto al día o incompleto, por lo que la Resolución de la Agencia Española de Protección de Datos no es ajustada a Derecho.